Prvo izdanje Enciklopedije mrtvih zajednički su objavili Globus iz Zagreba i Prosveta iz Beograda, kao desetu knjigu Dela Danila Kiša. Drugo izdanje Enciklopedije mrtvih objavila je Prosveta 1985. godine i od tada su na srpskom jeziku objavljene desetine izdanja te knjige.

„Sve priče u ovoj knjizi u većoj ili manjoj meri u znaku su jedne teme koju bih nazvao metafizičkom; od Speva o Gilgamešu, pitanje smrti jedna je od opsesivnih tema literature“, napisao je Danilo Kiš u Post scriptumu uz priče iz Enciklopedije mrtvih, za koju je dobio Andrićevu nagradu za najbolju knjigu priča.

Prvo strano izdanje Enciklopedije mrtvih objavljeno je 1985. godine na francuskom jeziku, u izdanju Galimara. Potom su usledila izdanja na holandskom, mađarskom, nemačkom, slovenačkom, španskom, portugalskom, italijanskom, švedskom, albanskom, engleskom, slovačkom, poljskom, turskom, hebrejskom, norveškom, grčkom, češkom, rumunskom, ukrajinskom, japanskom, makedonskom, bugarskom i kineskom. Na nekim od ovih jezika Enciklopedija mrtvih je u poslednjih trideset godina imala više izdanja, dok je na nekim od njih imala i više različitih prevoda. U proteklih trideset godina Enciklopedija mrtvih postala je jedna od najčitanijih knjiga Danila Kiša. Ova knjiga se našla i u obaveznoj školskoj lektiri. Enciklopedija mrtvih je i jedno od najviše tumačenih Kišovih dela. Govoreći da je Enciklopedija mrtvih „knjiga o ljubavi i smrti“ i „jedan potpuno metafizički koncept“, Danilo Kiš je polovinom osamdesetih godina u jednom intervjuu naglasio: „Hteo sam da tu knjigu priča gradim kao celinu, da ne kažem kao roman u kojem bi pripovetke bile poglavlja“.

Poslednjih godina dela Danila Kiša, uključujući i knjigu Enciklopedija mrtvih, objavljuje beogradska IK Arhipelag.